1361年9月，朱元璋率水军北上，他们先抵达安庆，俘获了一些船只，但没有破安庆城，于是接着北上。

1361年9月23日，明舰队到达鄱阳湖入口，湖口。

陈友谅在九江部署自己的水军迎战，在朱元璋航行的途中，明军从两侧包围汉军阵线，陈友谅损失了一百多艘大小战船，但他自己避过朱元璋的耳目，溯江而上去了武昌。

次日，明军在江面上攻击九江城垣，此刻陈友谅已经脱身，朱元璋只好派徐达去追赶陈友谅。徐达没能赶上陈友谅，他在汉阳城外抛锚，于是徐达开始攻城，但依旧没有拿下汉阳。

陈友谅退缩武昌，徐达封锁陈友谅，这场封锁从1361年9月持续到1362年4月。

朱元璋在九江督阵，他采用政治攻势，迫使江西各个城池州府投降。

1361年10月底，南康、饶州、建昌派来使节拥护明政权，湖北东部也有三个城池投降。

因陈友谅和朱元璋之间的形势发生改变，张士诚开始苏醒，他迅速派兵包围太湖东南方向的长兴，诱使常遇春前去救援。

明军一面要制止张士诚，一面要看住陈友谅，同时还要拿下江西，这一举动战线太长，非常危险。

1361年底，邓俞攻占了抚州，接着汉军的南昌指挥官、行省丞相胡美要求议和，他的要求是：他的部队加入明军，但建制不变，他的队伍仍由他自己率领。

朱元璋同意这个条件，不过他要求胡美即刻放弃南昌，并要求胡美去明军主力部队中服役。

胡美与朱元璋达成共识，但他没能说服他的部下，胡美本人后来于大明建朝后被封爵。

1362年2月，朱元璋主力部队开进南昌，他实际上接掌了陈友谅在江西的政治地位，也顺利接过了这里的主宰大权。

朱元璋离开南京已经太久，他没有时间去整合陈友谅投降部队的军务，还有各个城市戍军之间的强制改组，这是他统一明军之后必须要做的事情。

1362年3月，朱元璋返航南京。

浙江内陆被大将胡大海牢牢掌握在手中，但一些苗族的非正规军开始不安分，这批部队在明军攻占浙江之前就在元军中服役，后头都集中守在金华和处州。

朱元璋远在长江上游，这时候苗军内部开始互通消息，准备叛乱。

1362年3月3日，守在金华的苗军开始骚动，他们杀了明军将领胡大海。四天之后，处州的苗军也开始效仿，他们杀了城防守将耿再成。

或许苗军是受了吴军的挑唆和支持，在朱元璋回南京的时候，他在浙江的政权已经岌岌可危了。

回了南京之后，朱元璋令他的外甥李文忠为浙江明军大都督，李文忠夺回金华，但这批苗军已经从原阵地逃走，奔向了张士诚的部队。

张士诚派他的兄弟张士信统领大军攻打诸全，诸全是明军在浙江的外围堡垒，外有入侵，内有叛乱，李文忠单枪匹马驻守金华。李文忠用了心计，他放出假的风声，说邵荣即将支援诸全。

朱元璋正令大将邵荣出兵收复处州，邵荣是明军中最高将领，其地位甚至高于徐达与常遇春，其时，邵荣正奔赴处州，而李文忠也不可能得到邵荣的支援。

李文忠请胡德信和他的广信军驰援，但张士信和他的部下被邵荣极其难缠的名声扰乱了军心，后头张士信被诸全的守军和援军夹攻打败，而邵荣也在这时候收复了处州。

浙江的战火渐歇，江西的情况却日愈演愈烈，朱元璋带着大部队回到南京之后，他只给守在南昌的邓俞留了少量兵力，他也曾经让胡美的两位部下去长江上游支援徐达。

但在朱元璋离开南昌之后，他才恍然警觉胡美的这两个部下祝宗和康泰一直反对胡美投降，等明军大部队离开南昌城，祝宗和康泰就突袭了南昌，他们用炮火轰掉城门，并洗劫了南昌城池，守将邓俞被迫逃离南昌。

朱元璋让徐达撤离武昌，他要恢复和保持明军在江西已经胜利的地位，则只能让陈友谅在湖南湖北重塑他的武装。